تعد الفروع والمكاتب والمراكز في المنافذ الجمركية التابعة للهيئة هي خط الدفاع الأول للمستهلك حيث تُعني هذه المنافذ بتفتيش الشحنات المستوردة بكافة أنواعها من مواد خام او كمنتجات (غذائية/ زراعية/ كيميائية/مواد البناء/مستحضرات تجميل...............الخ). والتي يتم الفسح عنها وفقا للوائح والقوانين المقرة والمعتمدة لدى الهيئة والمعايير والأعراف الدولية المعمول بها لدى منظمة التجارة العالمية، وبما يضمن الوصول الامن لهذه المنتجات لضمان خلوها من كافة المخاطر الصحية وتقوم هذه المنافذ بتقديم خدماتها على مدار الساعة.